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Via libera all’applicazione delle imposte di registro, ipotecaria e catastale in misura fissa per la fusione per incorporazione tra una società semplice agricola e una Fondazione iscritta al Runts. L’operazione, inoltre, è esclusa dal campo Iva e, sul fronte delle imposte dirette, non genera plusvalenze imponibili sui beni trasferiti, a condizione che questi continuino a essere destinati all’attività agricola, sia pure indirettamente attraverso l’affittuario dell’azienda.

Sono le conclusioni contenute nella risposta n. 171 dell’11 settembre 2026, con cui l’Agenzia delle entrate ha chiarito il trattamento fiscale di una particolare operazione straordinaria che ha coinvolto una Fondazione, ente del Terzo settore (Ets) senza scopo di lucro, e una società semplice proprietaria di una tenuta agricola di rilevante valore paesaggistico e culturale.

La vicenda ha preso avvio dalla donazione alla Fondazione della partecipazione di controllo nella società semplice da parte di una società tedesca. L’obiettivo dell’operazione era trasferire alla Fondazione il controllo della tenuta agricola detenuta dalla società. Negli anni successivi, la società semplice ha progressivamente concesso in affitto l’intera azienda agricola a un’altra società agricola, fino a cessare completamente ogni attività d’impresa e agricola svolta in proprio.

Nel 2025 la Fondazione, divenuta nel frattempo socio unico della società semplice, ha perfezionato la fusione per incorporazione, facendo confluire direttamente nel patrimonio dell’Ets tutti gli immobili della tenuta, così da rafforzare il perseguimento delle finalità statutarie di tutela e valorizzazione del patrimonio culturale e paesaggistico.

Alla luce di questo quadro, la Fondazione ha chiesto all’Agenzia delle entrate di chiarire il corretto trattamento fiscale della fusione sotto tre diversi profili. In particolare, l’Ente ha domandato se l’operazione potesse generare plusvalenze imponibili ai fini delle imposte sui redditi; se il trasferimento dei beni nell’ambito della fusione rientrasse nell’esclusione dall’Iva, prevista dall’articolo 2, terzo comma, lettera f), del Dpr n. 633/1972 per i passaggi di beni conseguenti a fusioni, scissioni e operazioni analoghe; e, infine, se all’atto di fusione fossero applicabili le imposte di registro, ipotecaria e catastale in misura fissa, in base all’articolo 82, comma 3, del codice del Terzo settore (Dlgs n. 117/2017).

Nessuna tassazione delle plusvalenze
Il primo tema affrontato dall’Agenzia riguarda le imposte sui redditi.

In linea generale, osserva l’Amministrazione, l’articolo 172 del Tuir stabilisce il principio di neutralità fiscale delle fusioni tra società, prevedendo che tali operazioni non costituiscano realizzo di plusvalenze o minusvalenze. L’articolo 174 estende questo regime anche alle fusioni che coinvolgono enti diversi dalle società, nei limiti della loro compatibilità.

Tuttavia, l’Agenzia ricorda che la disciplina delle operazioni straordinarie è costruita principalmente per soggetti che producono reddito d’impresa. Per questo motivo, quando sono coinvolti enti non commerciali o società semplici, occorre verificare concretamente la destinazione dei beni trasferiti.

In pratica, secondo l’Amministrazione finanziaria, se i beni provenienti dalla società semplice confluiscono nella sfera commerciale dell’ente incorporante, il trasferimento può assumere rilevanza fiscale, generando una plusvalenza tassabile (articoli 67 e 68 del Tuir). Il caso in esame è, però, diverso. La Fondazione ha dichiarato, infatti, che tutti i beni acquisiti saranno destinati esclusivamente all’attività istituzionale non commerciale dell’Ets. Inoltre, l’azienda agricola continuerà a essere utilizzata per l’esercizio dell’attività agricola tramite il contratto di affitto già in essere.

In questo contesto, l’Agenzia conclude che le eventuali plusvalenze relative ai beni agricoli trasferiti non assumono rilevanza reddituale. I beni mantengono quindi in capo alla Fondazione lo stesso valore fiscale già riconosciuto presso la società semplice, senza alcun effetto impositivo immediato.

Fusione fuori campo Iva
La seconda questione riguarda l’Iva. A questo proposito, la normativa stabilisce che le società semplici sono soggetti passivi Iva solo quando esercitano attività agricole. Nel caso esaminato, però, la società semplice aveva già concesso in affitto l’intera azienda e aveva cessato qualsiasi attività agricola diretta. La stessa società aveva inoltre escluso i canoni di locazione dall’ambito Iva e smesso di esercitare il diritto alla detrazione dell’imposta sugli acquisti.

Partendo da questi presupposti, l’Agenzia ritiene che al momento della fusione mancasse il requisito soggettivo necessario per l’applicazione dell’Iva. L’operazione risulta, quindi, esclusa dal campo di applicazione dell’imposta.

Una conclusione che supera, di fatto, anche la necessità di ricorrere alla specifica disposizione dell’articolo 2, terzo comma, lettera f), del decreto Iva, che esclude dall’imposta i trasferimenti di beni effettuati nell’ambito di fusioni, scissioni e operazioni analoghe.

Registro, ipotecaria e catastale in misura fissa
Il terzo e più significativo chiarimento riguarda le imposte indirette. Poiché l’operazione non è soggetta a Iva, trova applicazione il principio di alternatività tra Iva e imposta di registro previsto dall’articolo 40 del Tur.

L’Agenzia analizza quindi l’articolo 82 del codice del Terzo settore, che prevede l’applicazione delle imposte di registro, ipotecaria e catastale in misura fissa agli atti costitutivi, alle modifiche statutarie e alle operazioni di fusione, scissione e trasformazione effettuate da enti del Terzo settore. Secondo l’Amministrazione, la norma ha l’obiettivo di garantire alle operazioni di riorganizzazione degli Ets una sostanziale neutralità fiscale, analogamente a quanto già avviene nel mondo societario.

Nel caso esaminato, benché una delle parti coinvolte sia una società semplice e non un Ets, la fusione è comunque realizzata da una Fondazione iscritta al Runts che conserva tale qualifica anche dopo l’operazione. Per questa ragione, l’Agenzia conferma che l’atto di fusione beneficia dell’applicazione in misura fissa dell’imposta di registro, dell’imposta ipotecaria e dell’imposta catastale.

In buona sostanza, quando il patrimonio trasferito continua a essere utilizzato per finalità coerenti con la missione dell’Ets e non confluisce nell’attività commerciale dell’ente, l’operazione può beneficiare di un regime fiscale particolarmente favorevole: assenza di tassazione delle plusvalenze, esclusione dall’Iva e applicazione delle imposte indirette in misura fissa.